L'histoire d'Halo Wars 2 se déroule 18 ans après les évènements du premier Halo Wars, la suite oppose le capitaine James Cutter et l'équipage du Spirit Of Fire contre une faction de Covenants renégats dirigée par une brute particulièrement sauvage qui répond au nom de Atriox. Ce dernier accompagné de sa bande de potes a repris possession de l'Arche, un monde artificiel Forerunner et lieu de naissance des anneaux emblématique de la série Halo. Après avoir écrasé la base de recherche humaine sur l'Arche, il envisage de se venger sur ... en fait sur tout ceux qui ne sont pas dans son clan. C'est alors qu'entre en lice Cutter et les forces de l'UNSC, aidé par la dernière survivante de l'Arche qui n'est autre qu'une IA, afin de se mettre en travers des plans d'Atriox.
